Ateliers

Dans le cadre des 11^èmes journées scientifiques du RFMF, des ateliers thématiques satellites seront organisés le Mardi 22 Mai 2018. 

Pour participer aux ateliers il faut vous inscrire directement auprès du correspondant de l’atelier (attention places limitées) et que vous soyez inscrit aux 11^èmes  JS du RFMF

PROGRAMME des ateliers

Atelier 1 : Présentation et application de PepsNMR, un package R pour le prétraitement de spectres 1 H-NMR.

Personnes encadrant la formation / animant la table ronde:

Manon Martin - Correspondant atelier -  manon.martin@uclouvain.be

Bernadette Govaerts

Public envisagé et les prérequis :

- Public : étudiants, ingénieurs et chercheurs travaillant en RMN.

- Prérequis : notions de prétraitement en métabolomique RMN, notions de R.

Objectif de la formation :

L’objectif de cette formation est entre autres d’expliquer (ou rappeler) les objectifs des différentes étapes du prétraitement en RMN, partant de signaux FID jusqu’à une table finale de spectres RMN 1D prêts à être analysés par des méthodes chimiométriques. Cette formation permettra également de présenter les outils de prétraitement originaux disponibles dans le package R PepsNMR (e.g. suppression signal de l’eau, correction de la ligne de base, warping, bucketing, etc.) ainsi que des méthodes d’évaluation de la qualité du prétraitement. L’ensemble de ces outils sera mis en œuvre par les participants sur des données métabolomiques.

Compétences acquises à la sortie de la formation :

- Compréhension globale des différentes étapes de prétraitement des données RMN 1D.

- Capacité d’appliquer le package de prétraitement PepsNMR à d’autres jeux de données.

Durée de la formation : 2,5 heures.

Date et lieu : Mardi 22 mai, Université de Liège

Nb de places max : 30 personnes max.

Attention les participants devront venir avec un ordinateur avec R installé sur les machines, installation des packages PepsNMR, MBXUCL. Les instructions d’installation des packages seront envoyées aux participants préalablement à la formation.

Atelier 2 : Outils d’annotation de données MS/MS : applications pratiques

Attention depuis le 26 avril 2018 les nouvelles inscriptions à cet atelier sont mises en liste complémentaire

Personnes encadrant la formation / animant la table ronde:

Etienne Thévenot (CEA, Saclay)

David Touboul (CNRS, ICSN)

Alexis Delabrière (CEA, Saclay)

Yann Guitton (LABERCA, Nantes) - Correspondant atelier - yann.guitton@oniris-nantes.fr

Emilien Jamin (INRA, Toulouse)

Grégory Genta-Jouve (Université Paris-Descartes)

Public envisagé et les prérequis :

- Public : étudiants et permanents confrontés à l’annotation de données MS/MS

- Prérequis : connaissances basiques en spectrométrie de masse tandem et chromatographie

Objectif de la formation :

L’objectif est d’acquérir un nouveau savoir-faire dans le domaine de l’annotation de spectres MS/MS. Cet atelier fait suite à celui organisé durant SMMAP2017 qui a attiré plus de 60 participants et qui était basé sur la description des méthodes d’annotation in silico des données MS/MS. Le but est cette fois de proposer un atelier plus interactif avec la mise en pratique des outils permettant aux participants de s’affranchir de la barrière de découverte des interfaces et du paramétrage parfois complexe.

Compétences acquises à la sortie de la formation :

Une compréhension générale de l'utilisation des outils d’annotation MS/MS sera acquise par les participants avec un focus particulier sur 2 ou 3 outils (logiciel de fragmentation in silico et outil de classification des données MS/MS par homologie) afin de permettre une mise œuvre efficace dans les laboratoires.

Durée de la formation : 2,5 heures.

Date et lieu : Mardi 22 mai après-midi, Université de Liège

Nb de places max : 30 personnes max. inscription prises par ordre d’arrivée

Atelier 3 : La quantification en métabolomique

Personnes encadrant la formation / animant la table ronde:

Justine Bertrand-Michel - Correspondant atelier -  justine.bertrand-michel@inserm.fr

Marlène Lacroix

Cécile Canlet

Public envisagé et les prérequis :

Public : étudiants, Ingénieurs et chercheurs

Prérequis : notion de métabolomique et de spectrométrie de masse

Objectif de la formation :

L'objectif est de sensibiliser les participants aux notions de quantification en métabolomique ciblé ou non ciblée en spectrométrie de masse et en RMN 1D. Il sera présenté les différents modes de quantification (absolue, relative), les pré-requis, les limitations... Des modes opératoire seront présentés et discutés.

Compétences acquises à la sortie de la formation :

Acquérir et comprendre les notions théoriques de la quantification en métabolomique, et avoir un regard critique sur sa pratique.

Durée de la formation : 2,5 heures.

Date et lieu : Mardi 22 mai, Université de Liège

Nb de places max : 50 personnes max en salle

Atelier 4 : méta-métabolomique, discussion autour des méthodes d’analyse des données. Focus sur les aspects multiblock, multitableaux.

Personnes encadrant la formation / animant la table ronde:

Cyril Jousse - Correspondant atelier -  cyril.jousse@uca.fr

Jean-Charles Martin,

Binta Dieme,

Gabriel Markov - Correspondant atelier - gabriel.markov@sb-roscoff.fr 

Julien Boccard

Public envisagé et les prérequis :

- Public : Etudiants, personnel technique et chercheurs.

- Prérequis : notions de métabolomique et d'écologie.

Objectif de la table ronde:

PREMIER TEMPS (45 minutes) : Présentation des outils et méthodologies d’analyse des données en métabolomique.

DEUXIEME TEMPS (1 heures) : Discussion sur les objectifs et potentialités dans le cadre de données de méta-métabolomique.

TROISIEME TEMPS (45 minutes) : Discussion autour d’un groupe de travail pour le déploiement d’un workflow d’analyse des données en méta-métabolomique.

Compétences acquises à la sortie de la formation :

Pour l’ensemble des participants : une compréhension générale des outils et methodologies.

Pour le groupe de travail : démarrage d’un plan d’action en faveur du développement d’un workflow.

Durée de la formation : 2.5 heures.

Date et lieu : Mardi 22 mai, Université de Liège

Nb de places max : 50 personnes max. inscription prises par ordre d’arrivée

Table ronde Junior : Interventions et discussions autour des problématiques propres aux juniors dans les domaines de la métabolomique et de la fluxomique

Personnes encadrant la formation / animant la table ronde:

Grégory Genta-Jouve

Sandrine Aros

Pour s'inscrire : rfmf.junior@gmail.com

Public envisagé et les prérequis :

-Public : adhérents de – 33 ans au 1er janvier 2018

-Prérequis : aucun

Objectif de la formation :

Discussion / échanges autour des problématiques rencontrées par les juniors (dans les domaines de la métabo / fluxo) pour s’apporter des solutions ou conseils.

Compétences acquises à la sortie de la formation :

- Avoir des éléments d’informations pour optimiser la construction de son réseau professionnel et de son projet scientifique en métabolomique et fluxomique.

- Avoir une vision plus élargie des questions et problèmes rencontrés par les juniors.

Durée de la formation :  2 heures.

Date et lieu : Mardi 22 mai, Université de Liège

Nb de places max : 60 personnes max.

http://www.rfmf.fr/rfmf-junior.html